1879 wurde der Verlag von Emil Birkhäuser am Basler Luftgässlein gegründet. Die Buchproduktion wurde ständig ausgebaut, wuchs aber erst während der 30er Jahre unseres Jahrhunderts über die regionale Bedeutung hinaus.
Heute ist der Birkhäuser Verlag der grösste naturwissenschaftlich orientierte Verlag der Schweiz, dessen definiertes Ziel es ist, seine Dienstleistungsfunktionen gegenüber der Wissenschaft wahrzunehmen. Mit seiner Schwestergesellschaft in Boston ist der Verlag 1985 in den Besitz des wissenschaftlichen Springer-Verlags übergegangen. Trotz der geänderten Eigentumsverhältnisse ist Birkhäuser nach wie vor ein eigenständiges, programmatisch unabhängiges Unternehmen mit Firmensitzen in Basel, Berlin und Boston. Zur Zeit erscheinen jährlich über 200 Buchtitel, davon mehr als 60 Prozent in englischer Sprache, sowie 32 wissenschaftliche Zeitschriften.
Programmschwerpunkte sind neben der Architektur wissenschaftliche Publikationen in den Bereichen reine und angewandte Mathematik, Technik und Physik, Life Sciences und Geschichte der Wissenschaften.
Zu Beginn der 80er Jahre wurde das Programmsegment Sachliteratur eingeführt. Dieses zusätzliche Standbein neben dem Wissenschaftsprogramm soll einem breiteren Publikum auf gehobenem Niveau wissenschaftliche Themen zugänglich machen.
Im Gebiet der Architekturbücher hat sich der Verlag beim Publikum und in Fachkreisen einen Namen gemacht und ist mit dem Zukauf des Architekturprogramms von Artemis zu einem der bedeutendsten Verlage im deutschsprachigen Markt avanciert. Das weitere Programm wird unter dem Imprint Birkhäuser-Verlag für Architektur publiziert.